У каждого производителя инструмента есть настройки для масштабирования данных для отображения во время сбора данных. Без формата FCS 3.1 масштабирование данных контролировалось файлом. С форматом FCS 3.1 масштабирование данных теперь контролируется программным обеспечением, осуществляющим анализ. Для обеспечения отображения данных в аналитическом программном обеспечении в том же виде, как во время сбора данных, необходимо использовать настройки инструмента по умолчанию. 

Формат FCS содержит ключевое слово для идентификации цитометра, используемого для сбора данных. Программное обеспечение Kaluza Analysis может считывать это ключевое слово, $CYT, и применять настройки, с помощью которых происходит управление отображением данных и информации. При загрузке первого файла из данного инструмента устанавливаются настройки конкретно для этого инструмента. Затем они могут быть уточнены пользователем по мере необходимости.

Следующие видеоролики демонстрируют применение пакета автономного программного обеспечения Kaluza Analysis для считывания файлов с различных инструментов и от разных поставщиков. Было выполнено сравнение данных с графиками и статистикой, сгенерированными в собственном пакете, и представлено параллельно для сравнения точности данных.